待望の「超長編ケロロ軍曹」が幕をあける！謎の海域「デビルズ・シー」にあらわれた「怪物」を解明しようとする冬樹とケロロたちだったが、未知の生物が夏美を海へとさらっていってしまった！その後を追った深海の奥深くにあったものとは…！？