再びゼーレの攻撃が始まり、仮想空間に出撃したシンジ達。しかし、敵の強力な反撃を受け撤退を余儀なくされる。そこでゲンドウは単身敵に挑みシンジ達の出撃の時間を稼ぐ。新たな武器を携えシンジ達は再び出撃する！