２００年後の世界で、人知れずポーションを作り始める錬金術師の少女・マリエラ。マリエラと暮らし、徐々に本来の自分を取り戻していく奴隷の青年・ジークムント。『迷宮都市』の人々との出逢いを通じて、のんびりと穏やかな生活を営む二人。―その裏で街に少しずつ、しかし確実に変化が訪れていることを、知る由もなく。迷宮攻略に向けて進軍する『迷宮討伐軍』を襲った悲劇。失われた錬金術の存在に気付き始めた『黒鉄輸送隊』の面々。正体不明のＡランク冒険者『雷帝エルシー』の襲来。―そして、２００年の時に隠された、錬金術師の秘密とは！？