人類の雌雄を決する戦いから一年―。人類を滅ぼさんとする天敵“異海鬼獣”との戦いは、“魔術”と“機工”の融合“魔術機工”によって長足の進歩を遂げていた。逆行し、遡生し…滅びへとつながる歴史を書きかえる戦いは、成功した…かに見えた。しかし、既定路線を外れて加速した歴史は意図を超えて動き出す。消えた「黒い魔術書（マルギア・レポート）」の謎、ジャークとネトを付けねらう謎の魔術機工師―そしてすべての謎は、つながっていく…畳み掛ける敗北への罠を、覆すことができるか！？