連邦軍の罠にはまり、撤退・逃亡を余儀なくされたディーン・ウェストは、元ナインテイルズのメンバーが潜む砂漠の秘密基地に逃げ込む。そんな折、コロニー『アガルタ』に異変が起きる。ネイのため、そしてコロニー『アガルタ』のすべての住民たちのため、ディーンは立ち上がりマサたちと合流、ＨＬＶで宇宙に上がる。しかし、そこに待ち受けていたのは、あの一年戦争の伝説的モビルスーツ、ガンダムだった！！果たしてコロニー『アガルタ』の運命は！？そして本当の黒幕は誰なのか！？ガンダムオリジナルストーリーついに完結！！