「そこ、女の子が捕まってるから」“超能力”が一般科学として認知された学園都市、その「三沢塾」で一人の巫女が囚われの身となった。そして、どうやら首謀者は、魔術側の人間らしい。上条当麻は魔術師ステイルからそう説明され、すなおにうん、と返事をした。「簡単に頷かないで欲しいね。君だって一緒に来るんだから」「…はあぁ！？」真夏の日差しの中、不気味にそびえ立つビルに二人は向かっていく。魔術師、吸血殺し、禁書目録、そして上条当麻。全ての線が交差するとき、物語は始まる―。