２個師団の救出作戦で疲弊した５１２１小隊は、命令による強制休暇を経て、徐々に本来の力を取り戻しつつあった。一方、被弾後に意識を取り戻した善行は、そのまま上京。政治家たちへの戦況報告のかたわら、情報将校・落合大尉が巻き込まれた事件を調査し、軍閥が絡む裏情報を入手する。しかしその直後、車で都心部を走行中に銃撃を受け…。同じ頃、九州・響灘沿岸では相当数の幻獣が海から逆上陸を開始。さらに、空中要塞として知られる幻獣・スキュラの体当たりからの自爆攻撃が始まった。予期せぬ奇襲、そして特攻とも呼べる攻撃に浮き足立つ自衛軍。その背後には幻獣を統べる知性体の陰があった…。