夏休み直前、咲太の前に、初恋の牧之原翔子と同じ名前、同じ顔をした女子中学生が現れる。でも本当なら、翔子は女子大生のはず。混乱に陥る咲太に、またも不思議現象・思春期症候群が忍び寄る。なぜかふたりに増えてしまった科学部所属のクールな同級生・理央。咲太は家出した片方の理央を自宅にかくまうことになり、まさかのプチ同棲生活が開始する。さらに麻衣先輩まで泊まり込むと言い出したから、咲太の夏休みは大混乱に。そして、理央が抱える痛みとは―。空と海に囲まれた町で起こる僕らの恋の物語、『青春ブタ野郎』シリーズ第３弾。