第二科学部、いきなり解散の危機！？加速する青春ストーリー、待望の第二弾！！怒涛のゴールデンウィークが過ぎ去り、第二科学部に腰を落ち着けた高行は、部長であり、生まれながらに常識外れの頭脳を持った天才──“ジーニアス”の海竜王寺八葉、そして同じく入部した有屋美月と騒がしい日々を送っていた。しかしある日、第二科学部が居を構える 『部室長屋』 に学園都市運営機構の息がかかった 『統括委員会』 が現れ、長屋の取り壊しと退去を一方的に通告してくる。高行たち三人は個性豊かな長屋住人たちと協力して抵抗運動を起こすが、委員会側は何やら卑劣な策を巡らし……？