１１月。超巨大文化祭『一端覧祭』の季節がやってきた。そんなさなかに、ようやく学園都市に戻ってきた上条当麻。ロシアより勃発した第三次世界大戦を起因とする『対グレムリン遠征』を経て、ついにインデックスや御坂美琴とのほのぼのした平穏な日常が戻ってきた―。そう楽観していた上条当麻だが、意外な人物の登場で、その願いは虚しく霧散することに！？彼の前に現れた最強の『敵』とは？セルフ迷子メーカーなフレメアの保護者となって学園都市内を走り回る浜面仕上や、打ち止め（ラストオーダー）の子守りでキレる平常運転な一方通行（アクセラレータ）、リハビリついでに手料理を作る麦野沈利などなど…学園都市を舞台として、『新約』シリーズは新展開に突入。