それは碇シンジによって「人類補完計画」が阻止された世界…かつての特務機関ネルフは「ネルフＪＰＮ」に再編され、総司令・葛城ミサトの下で１７歳になったチルドレン達が使徒の再来へと備えていた。だが、全地球使徒探査殱滅ネットワークを担う“四人”の綾波レイの一人・Ｎｏ．カルトが突然の暴走。それを阻止しようとしたシンジは、初号機もろともガンマ線レーザーで撃ち抜かれて消失する…。ＴＶアニメ第２４話から分岐したもう一つの『エヴァンゲリオン』の可能性の物語、十年の時を経てここに甦る。