“黒の巨人”アルマロスとロンギヌスの槍による未曾有の天変地異に晒される地球…それは新たな「人類補完計画」のための“リセット”だった。北アフリカ「人体の谷」でアルマロスに戦いを挑むも、自らの“心臓”を奪われて敗れたシンジとスーパーエヴァンゲリオン、弐号機と融合し紅い巨人「クリムゾンＡ１」となって帰還を果たしたアスカ、そして自らの存在に思い悩む二人の綾波レイ「トロワ」と「カトル」…チルドレン達は彷徨い何処へ辿り着くのか？そして人類は、アルマロスとその眷属達に立ち向かうべく大規模な反攻作戦を試みるが、その一矢は神のごとき力を貫くことができるのか？ＴＶアニメ第２４話から分岐したもう一つの『エヴァンゲリオン』の可能性の物語、十年の時を経てここに甦る。