司書の仕事を探す結衣は、豪邸の書庫の求人を見つける。だがその仕事は、あやかしのための図書館の仕事だった。適性があったため採用されるが、結衣は躊躇う。しかし昔出会ったあやかしの少年ナギのことを思い出し、結衣は思い切って働くことを決意する。さまざまな理由で本を探しに来るあやかしたちのために、オーナーの宗司や番犬の風花とともに、新入り司書として奮闘する結衣。いつかナギと再会することを夢見ながら。本を通じて繋がるあやかしと人との優しく切ない物語。