バッドエンドを回避するため、ノゾミが用意した二周目の世界。ここでホノカがやるべきことは二つ。一つは、母である高坂花翠と、父・椎名月人の仲を深め、自分の生まれる未来を確定させること。もう一つは、この世界に潜伏する、前回の黒幕を探し出し、消し去ること。バグは形を変え、日常に潜んでいる…。一周目を経たアドバンテージを生かし、しばし平穏な日常を甘受するホノカ。懐かしい母との再会、そして変わらない父の存在。だが、些細なズレから物語はレールを外れ、軋みを上げ始め―少女を全く知らない結末へと導いていく。予測不可能。混迷の第二レース、開始。