人類の生き残りによる『シティ連合』と魔法士たちが組織した『賢人会議』。対立する両勢力は南極大陸で激突し、世界の運命を左右する大気制御衛星は賢人会議代表のサクラの手に渡った。ただ一人、衛星に残ったサクラは、雲の除去システムを稼働させるため、人類を滅ぼす最終作戦の発動を宣言する。決戦の時が刻一刻と迫るなか、サクラに敗北した天樹錬とイルは負傷で動けず、ヘイズたち『世界再生機構』に残された戦力も僅かなものだった。賢人会議による人類滅亡の企みを止められる者はいないかのように思えたが―。