肥大化した陸海軍の硬直性を打破するため山本五十六が提唱して設立された戦力研究所（秘匿名Ｓ機関）は、今や陸海軍の上に立って対米戦の作戦を練り上げている。ヒトラーがソ連との不可侵条約を破棄して破竹の進撃を開始し、日本軍も南部仏印に進駐して、アメリカとの関係はますます悪化するばかりだった。最後通牒であるハルノートを突きつけられ、和平への道を完全に閉ざされた日本。是が非でも対米戦争は避けたかった山本だが、遂にＳ機関が準備してきた新兵器群で秘密作戦を決行せざるを得なくなる。日本は宣戦布告し、連合艦隊はすべての戦艦をハワイに向かわせて第一段作戦を展開するが…。