６年生の玉絵は、アトピー性皮膚炎の治療のため、地元の名家、松吉家のせわになっています。あるとき、玉絵は閉鎖の運命をたどる分校（茶色の学校）をめぐって、おかしな動きがあることに気づきます。クレヨン王国の土の神オチバクライに茶色の学校を守ると約束した玉絵は事件の調査をはじめたのですが、正体不明の魔の手がのびて…。