“パピヨンも、パピヨンをつかまえたい探偵も、暗号をといて、「黒鉛の塔」へ集まれ。”パピヨンが集めている虫の図を持つ収集家から、一風変わった挑戦状が公開された。暗号解読に頭を悩ます奈那と巧太。でも、２人ではじめた雨弓小学校ミステリークラブに、たよれる会員が増えて―。さあ、今度こそ、怪盗パピヨンをつかまえられる！？小学中級から。

「怪盗も探偵も、暗号を解いて『黒鉛の塔』へ集まれ。」挑戦状にわきたつ雨小ミステリークラブ。今度こそ、怪盗パピヨンを捕まえられる？