日本のほとんどすべてを掌握する２基のスーパーコンピュータ・クォーク＆レプトン。開発者・田辺キヨミがその構造を明かすことなくこの世を去って以来、クオレプは誰の管理も受け付けない。そして現在２０１８年、田辺キヨミの一人息子・高校生になりまったりした平凡な日常生活を過ごす直樹は幼なじみのアヤと再会するが、アヤの言った言葉「日本政府が拘束しようと狙っている。とにかく逃げ回れ！」が直樹の日常を破壊する！