太陽が沈み始めた時刻、それこそが「魔女姫戦争」の開始の時刻。主人公・零次はある日、自分の学生鞄に回転式拳銃が収められていたことに気づく。しかし次の瞬間、それは霧散して消えてしまった。そしてその日を境に、零次は「剣の魔女姫」を名乗る少女に命を狙われる。恐るべき身体能力で零次を追い詰めてくる魔女を前に、消えてしまった拳銃とともに謎の声が囁く。「撃て」と。零次の身体に眠っていた稀代の悪魔「ワルプルギスの夜」が目を覚ましたのだ。果たして、最後に生き残るのは魔女か、零次か。世界中の魔女たちが繰り広げる壮絶なる魔女姫戦争がその幕を開ける。