副題の「Ｂｅｆｏｒｅ　ｔｈｅ　ｆａｌｌ」とは、『進撃の巨人』本編第１巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約７０年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ（巨人の子）と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。巨人達の手から間一髪キュクロとカルディナを救ったのは、後に立体機動装置を呼ばれる装備の前身である「装置」だった。その「装置」を使用したホルヘ──彼こそは人類史上初めて兵団を率いて巨人を倒した元調査兵団隊長であった。シャルルが匿われている工業都市に導かれたキュクロは、一般人立ち入り禁止の黒金竹の伐採地で、ホルヘの口から十五年前の最後の遠征の前に行われた巨人捕獲調査の秘された真実を知る。

巨人達の手から間一髪キュクロとカルディナを救ったのは、後に立体機動装置を呼ばれる装備の前身である「装置」だった。その「装置」を使用したホルヘ──彼こそは人類史上初めて兵団を率いて巨人を倒した元調査兵団隊長であった。シャルルが匿われている工業都市に導かれたキュクロは、一般人立ち入り禁止の黒金竹の伐採地で、ホルヘの口から十五年前の最後の遠征の前に行われた巨人捕獲調査の秘された真実を知る。