ショッカーの地下アジトで克己・和弘兄弟をかばいながら苦戦中の1号。助けに追った石倉五郎とZXもまた突破口を見いだせずにいた。そしてある任務により潜水艦で潜行する緑川ルリ子は海底でなにかに気づく……。本郷猛と緑川ルリ子、遠き日の記憶と想いが水底に交錯する東京・1号編！