『攻殻』シリーズ始動！！　戦闘型サイボーグのバトーが、まだレンジャー部隊で活躍していた時代。内戦がつづくクラン共和国に外務大臣救出の任務を帯びて送り込まれたバトーが、ある女性と出会う。５０１機関所属の草薙素子。それは、攻性部隊「攻殻機動隊」が誕生するきっかけとなる運命の出会いであった。無実の罪で死刑判決を受けたソガ大佐を救うため、バトーやイシカワが立ち上がる！　決死の覚悟で軍事機密「パンドラ」にアクセスして、真実を明らかにしようとするバトーたちだが、その前には少佐とロジコマが立ちはだかる！！　バトーＶＳ．少佐の因縁の戦いが始まった！！　果たして「パンドラ」に眠る真実とは！？　驚愕の結末が待っている！！