魔女アニカ討伐事件後、春斗とイオンがシルヴァと電影狩りを行うようになって数日が経ったある日。春斗たちは、戦豪という第九学区の元代表生徒が、夏祭りの日にテロ行為を企んでいるという噂を耳にする。さらに、春斗の前に、治安機構に保護されていたはずのアニカが現れた。彼女によれば、西洋でも悪名高い黒魔術結社『蛇魅の骸』の魔術師たちが、アニカの暗殺を企てているらしい。アニカを―そして学研都市を守るため、春斗とイオンは、クレイ最強の科学魔術師にして代表生徒の二年生である『緑閃の天体殺し』シャロン・ワンダーフォースとともに戦うことを決意するが―！？落ちこぼれ×落ちこぼれの二人が紡ぐ共鳴の物語、待望の第二弾！