異国の戦地で出会った少年兵たちを指揮する、もとニートの青年・新田良太（通称アラタ）は戦争のない国を見せるため日本に一時帰国した。そんなアラタたちに日本の治安組織が接触し、新興宗教の教団に関わる任務を依頼する。ところが教祖に反抗する一派が民間人を標的にしたテロを起こし……国内の戦闘は是か非か。今や現代の伝説、アラタと少年兵たちの戦記、日本編完結！