時は203X年。謎の探偵・明智小五郎の下に集う「少年探偵団」は数々の難事件を持ち前の行動力で解決してきた。ある日、メンバーの花崎健介は謎の少年・小林芳雄と出会う。「正体不明のモヤ」により「死ねない」身体となってしまった小林は、自ら死を望み、他人との接触を拒んでいた。そんな彼を気に入り、少年探偵団へ入れようと誘う花崎だが…！？　二人の運命の出会いが、世界を揺るがす事件の始まりを告げる！！