人類最後の５０万人を乗せた播種船『シドニア』は、地球を壊滅に導いた謎の敵・ガウナとの果てしない戦いの渦中にあった。谷風長道という絶対のエースを得た『シドニア』は、ガウナの拠点である小シュガフ船・オカリナを撃破、その存亡を懸けて、大シュガフ船との最終決戦を決意した。そんな中、ガウナと戦うために遺伝子操作され生み出されたクローン、仄姉妹の一人、仄燧と、科学的に生み出された男でも女でもない、第三の性である中性の整備士・金打ヨシは、一八式衛人の仮象訓練装置で出会う。ヨシの協力で、燧は操縦士としての力を高めるが、その方法はかなり危ういものだった。そんな共犯関係を通して、二人は親密さを増していく。戦衛防巡艦『水城』での出撃に、二人は共に乗り組む。そして、激戦の最中、運命の時が！