奈良の公園の池で偶然発見されたニッポンバラタナゴ（ペタキン）。とうに絶滅したと思われていた、その魚の発見は奇跡と称された。ペタキンの生育には、卵を産みつけるドブガイという二枚貝、ドブガイの幼生が成長するためのヨシノボリというハゼの仲間の存在が必要で、その生態系をまるごと維持していた奇跡的な池は「タイムカプセル」と呼ばれた。かつて、ペタキンの奇跡に魅了され、一心に研究を続けていた父親の面影を追って、少女・カナは家を出る。自然と環境、父の足跡をめぐって、とまっていたカナの時間が再び動き出す――。