「お前たちは、この世に一匹たりとも生かしておかない！」――不倶戴天の仇敵と巡り会ってしまったエル。新たな死闘が今、始まる。

西方諸国における戦いに勝利した銀鳳騎士団は、故郷へと凱旋を飾っていた。勝利と共に彼らが持ち帰った最新の飛行機械・飛空船を前に、国民は大いに湧き立つ。しかしそんな盛り上がりなど目もくれず、エルは独自に飛行型幻晶騎士の設計へと着手していた。数多の苦労を突き抜けて、幻晶騎士を空に飛ばすことに成功する。飛空船を手に入れ『飛翔騎士』が誕生したことにより、大空への道は開かれた。やがて飛翔騎士のみで構成された騎士団、紫燕騎士団の設立と成功を契機として、王国の興味はある一点へと収束してゆくのだが―――。