テルミア王国が三都同盟の空中母艦「九頭蛇」を拿捕した事で、ラダル炭鉱を巡る戦争は再び膠着していた。つかの間の平穏を楽しむ文洋たちだったが、レオナは祖国に残してきた弟のルネをなんとか取り戻せないかと心を痛めていた。一方、ダークエルフたちと共に「九頭蛇」を同盟から奪取した文洋は、その功績から王女ラティーシャ直属の遊撃飛行隊を任されることとなる。そんな折、文洋の兄が所属する扶桑海軍は、テルミア海軍との共同作戦中に謎の飛行船に襲撃され、壊滅的な損害をこうむってしまう。帰還した乗組員が撮影した写真に写っていたのは、飛行戦艦と呼ぶべき鈍色の巨体。そして、砲弾を受け止め燐光を散らす、レオナのものと同じ魔法陣だった―。