「宦官の真似事が終わった以上、お前は皇弟として動け」−−帝から壬氏（ジンシ）に下された命は、５年前に亡くなった妃の「故郷へ帰りたい」という願いを叶えることだった。妃の遺体とともに南の地へ向かった壬氏と猫猫（マオマオ）が辿り着いたのは、水上都市。未知の薬や植物に心惹かれる猫猫だったが、その地では水賊が暴れ、隠された財宝の存在を巡り、不穏な空気が漂っていた。そんななか、妃の葬儀の日に起きた大事件をきっかけに、二人は予期せぬ事態へと巻き込まれていく−−。本作は、全世界シリーズ累計５，７００万部を誇る『薬屋のひとりごと』の日向夏による新作オリジナルストーリー。小説ならではの表現で、物語の世界を深く描き出す『小説　薬屋のひとりごと　亡妃の秘宝』は、劇場版に入りきらなかったエピソードも収録。劇場版のキャラクター原案を担当したしのとうこのキャラクターデザインイラストや制作メモもおさめられている。