とうとうメガミが掛けた「人魂交換之術」を打破する作戦を思いついた美千緒。これで晴れて、姉であり恋人でもあるウテナとイチャつけるようになったかと思われたが、山奥の秘境にある温泉に旅行することがきっかけで更なる混迷が御影家の面々に襲いかかる！しかし、この温泉の里こそ、すべての謎を解く場所であった―。“白泉学園”シリーズ、ついに大団円。