人類石化後の地球に帰還した千空の父・百夜。数千年の時を超え息子へ遺したのは…。一方、司帝国の刺客による襲撃を受けた千空たち。緊急事態の中、村を守るため最強の武器“科学の刃”の開発に取り掛かる！！