修学旅行で忍者屋敷を訪れた高校生のイチは、見学中に不思議なからくりに巻き込まれ、伊賀甲賀が勢力を争う忍者の世界にタイムスリップしてしまう。現代へ帰る手がかりを求め、忍者の教育施設「紅学園」に潜入を試みたイチだが、そこは「男子禁制のくノ一学園」で……！？