オレの名は乾十三。あの大戦を経て、「拡張者」と呼ばれる身体機能拡張処理を施した者達が溢れるこの街で、オレは拡張者達に関する問題を「処理」する稼業を生業にしている──。鉄朗の兄弟だという謎の男・硫黄の手によって重傷を負ってしまった十三。軍事機密の塊である十三を治療する鍵は、拡張者専用の収容施設「凶器の保管庫」にあると知った十三とメアリーは保管庫の最奥へと潜入するが…？