『キグルミ誕生の秘密』が明らかに！　大垣内 歩は赤糸に反対されながらも、仲間になってくれそうな人物を捜すために奔走していた。密かに、そして着実に増えているであろう仁科の軍隊に対抗するためだ。そんなある日の放課後、歩はクラスメイト２人に体育館裏へ呼び出され、最近この町で起こっている殺人事件の犯人だと疑われ、言及される。目撃情報の中にあった「根暗そうな若者」という理由だけで。歩はその事件の存在すらよく知らなかったため、その挙動からあっさりと犯人でないことを理解してもらえるものの、キグルミの件も少なからず関わっていると感じた歩は、仁科の軍隊のことだけでなく謎の殺人犯のことも気にかけて行動をする。その夜、『時間の外』へ呼び出された歩たちの前にボンとラビイの過去を知るキグルミが現れ、『キグルミ誕生の秘密』を知らされる。語られた真実に驚愕する面々。その隙をつき歩とサイクは何者かからの攻撃で、キグルミの奥深くに眠る記憶の世界へ飛ばされてしまうのだった――。そこで二人が見た驚愕の光景とは！？　倒すべき敵との戦闘、謎の殺人犯の正体、そしてキグルミの真相がつまびらかになる第三巻！