総理大臣の引責辞任の甲斐なく、激昂した中国軍は戦闘機を出し、九州の自衛隊基地を爆撃。長崎福江島のレーダー・サイトも破壊され、第一戦は中国軍の完全勝利となった。結果、中国軍が上陸した長崎県は、国の許可なく「非武装都市宣言」を行う事態に。一方、応戦する自衛隊は、住民被害を出さずに戦うというハンデを背負い、またテロ・グループにも気を配らなければならず、苦戦を強いられる。そんな中、（サイレント・コア）部隊は、福江島から撤退した姜小隊、そして千葉県で隠密活動を続けていた原田小隊も漸く長崎入りし、ある作戦の下、動き始めた―。中国との熾烈な鍔迫り合いの行方は？