岳志が発見した“１４番目の御嶽”への祈りを通して、柚は「大地の炎が琉球を焼き尽くす」という神の予言を聞く。その頃、水深６０００ｍの南西諸島海溝では深海調査艇“しんかいＦＤ”の武田洋平が、巨大な人工構造物を発見していた。“１４番目の御嶽”との類似を検証する科学者たちの目的は、地殻変動を食い止める唯一の鍵、南方が提唱する“ＩＳＥＩＣ（圏間基層情報雲）理論”の実践にあった。だが、海底火山に噴火の瞬間が迫る。