江戸参府のオランダ使節団が、自分たちの宿「長崎屋」に泊まるのを、るんと美鶴は誇りにしていた。文政五年、二人は碧眼の若者、丈吉と出逢い、両国の血をひく彼と交流を深めてゆく。まもなく、病人のために秘薬を探していたるんは、薬の納入先を聞きつけた丈吉と回船問屋を訪れる。が、店に赴いた彼らが発見したのは男の死体だった。さらに数年後シーボルトをめぐる大事件が起こり、姉妹はその渦中に。

秘薬をめぐる陰謀、猿を肩に乗せた異形の武士の暗躍、シーボルト事件…。難事に立ち向かう青い目の少年と宿屋の姉妹の運命は…。