宇宙連邦創成期に発見された十五兆標準太陽質量の超巨大ブラックホール“ダーク・エイジ”。それが人工物であるらしいことをつきとめた連邦の科学者たちは、地平面探査基地“ホライズン・スケープ”を建設し特異点の調査を開始する。分断された右脳に伝説の祖神を宿すヒルギス人の狙撃手・シンイーは、過去・現在・未来を見通す力を持つパメラ人の少年・イオとともに、別の宇宙へと続く“門”の探索を続けている。時空のゆがみにより周囲の時間からそれぞれに取り残されていく二人を襲撃するものの正体とは？