御厨恵は、小柄で色白、やせっぽちの中学二年生。母親似の端正な顔をしているが、勉強でも運動でも、あまり目立つほうではない。そんな平凡な彼の生活にも異変が―錬金術師の父が造ったホムンクルスの少女アナと、魔女の母のもとで修行する上級魔女のエリカが同居することになったからだ。しかし、その異変は、世界を揺るがす前兆であったのだ。―１９１０年、ハレー彗星の“来訪”が、世界に魔法をもたらした。そして、１００年後のいま、世界は新たな激変に晒されようとしていた。