時に１９世紀――東南アジアを中心に活動する植物採集家の少年ノアは、植物の根より記憶を辿ることができる『起源追想』という特殊能力を持つ。しかし『起源追想』の最中にノアと植物を引き剥がすと、精神を根に持って行かれ死んでしまう…。そんな彼の助手兼護衛のラジャードは元海賊。海賊の護衛をするほどの剣の腕。二人はディーバ商会から植物採集の依頼を受け、希少な植物を求め世界中を飛び回る！