超次元システム発動のたびに、ゼオライマーの開発者でもある悪の科学者・若槻魔沙樹の記憶が蘇り、その強烈なビジョンに抗えなくなっていく真沙希。変わっていく自分に恐怖を感じ周りと距離を置くようになっていく。一方、美久を連れ去った鉄神帝国では、もう一体のゼオライマーを完成させていた。ついに無敵の力を手にした総統ネマトーダだったが…。