ウェールズにある小さな島で、不思議な力を持つこどもたちと時間を操る女性ミス・ペレグリンに出会ったジェイコブ。彼女たちとの楽しい“時間”の中で、祖父もこの不思議な世界「ループ」で暮らし、愛を育んでいたことを知る。そして自分に「力」があることも―。そんな彼の背後に、祖父を殺したものと同じ黒い影が忍び寄っていた。