奇妙なこどもたち（ピキューリア）の魂を喰らおうとする非情な敵・コールの魔の手から逃れたジェイコブとエマ。満身創痍のなか、コールに連れ去られた仲間とミス・ペレグリンを追跡して、敵の要塞のあるタイムループへ潜入する。しかしそこで二人が目にしたものは、この世のものとは思えない荒廃したピキューリアの巣窟だった。