阿坂と千原が生死不明のまま、姿を消して半日以上。学校内に白昼堂々『駒』が侵入する騒乱の中、永児と喜多見は自分たちを狙うグループの長と対面する。そして遂に、五倉山山頂にある廃工場で、敵味方入り乱れての絶望的な死闘が始まる。生き残るのは果たして誰だ？謎に満ちた巨大な物語の全貌が遂に明かされる、人気シリーズ『一学期』完結。