人間を無差別に攻撃する「全自動虐殺機械群」（アトロハード）によって、人類は滅亡へと向かっていた。第三番ドーム市に住む十五歳の新堂善騎は、敵を倒すために作られた有機系生体ロボットの「スティーリィ」に運悪く抜擢されてしまう。幼なじみのルクミ、親友の凛人らの励ましを受けながら、善騎は増殖し殺戮を繰り返すアトロハードと対峙するが…。