ジュール＝ヴェルヌより帰還したカイと三四郎は、カイの故郷である月で、月の独立を目指した新たな任務に着手していた。バディとして、恋人として、互いを信頼し合う二人だったはずが、目的を達成するための手段や信念の違いから、二人の心はすれ違っていく。月の行政官であるカイの父・ドレイクや、近衛凱、かつての仲間であるロード、サンドラ、さらにその娘・リリアン…仲間と共に当たる久々のミッションを、二人はクリアすることができるのか―。