日本初の鉄道は長崎にあった。だが、貿易商グラバーが走らせた蒸気機関車は消えた―長崎で失踪したライター松本を捜す同僚神山は、ＮＡＧＡＳＡＫＩクラブなる謎の歴史研究家たちに遭遇。彼らは、坂本龍馬がグラバーの鉄道を破壊したと主張していた。やがて、メンバーの死体が京都の疎水で発見され、十津川警部の捜査線に、明治一五〇年の歴史を巡る野望が浮上した！