神様たちの争いに巻き込まれ、異世界に転生してしまった男性、石原那由多。しかも、なぜか三歳児の姿になって、左目には意志を持ち、コミュニケーションがとれる神様の欠片が宿っていた！？　その神様の欠片にツクヨミと名付けたナユタは、転生後に降り立った危険な森を抜けて、やがて古の空飛ぶ城郭都市の遺跡を発見する。さらに、遺跡にあった魔法のジオラマの中で生活できることがわかると、そこを拠点にすることを決めるのだった。前世の趣味で集めた御朱印を通して日本の神様の力を借りたり、オリジナルの魔法を開発したり、ドワーフの街に行ってみたり……ちょっぴりお茶目な神様の欠片に導かれ、ナユタの異世界スローライフが、いま始まる！